Dépôt output DSSP:
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structure basée sur liaisons H

- n-turns : liaison H entre CO et NH du res i+n, ou n = [3,4,5]
- bridges : LH avec res non proches

* hélices : 4-turns répétés
* brins beta : repetition bridges

common imperfections : helical kinks + beta-bulges

propriétés déduites geométriquement : bends, chirality, SS bonds, solvent exposure


Hbond(i,j) = [E<-0.5kcal/mole]

electrostatic interaction energy between twho H-bonding groups by placing partial charges on the C,O(+q1,-q1) and N,H(-q2,+q2) atoms 

E = q1q2(1/r(ON) + 1/r(CH) - 1/r(OH) - 1/r(CN))*f
avec
q1 = 0.42e
q2 = 0.20e
e la charge élémentaire d'un electro (e = 1,602 176 634 ×10−19 C)
r en angström
f (facteur de dimmensionnalité) = 332
E en kcal/mol

Bonne LH si E <= -3 kcal/mol

Cutoff choisi permet une distance N-O jusqu'à 2.2 Angström
