projet_court/doc/notes.org

Dépôt output DSSP: http://ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/database/DSSP/latest_release/

structure basée sur liaisons H

• n-turns : liaison H entre CO et NH du res i+n, ou n = [3,4,5]
• bridges : LH avec res non proches

hélices

brins beta

common imperfections : helical kinks + beta-bulges

propriétés déduites geométriquement : bends, chirality, SS bonds, solvent exposure

Hbond(i,j) = [E<-0.5kcal/mole]

electrostatic interaction energy between twho H-bonding groups by placing partial charges on the C,O(+q1,-q1) and N,H(-q2,+q2) atoms

E = q1q2(1/r(ON) + 1/r(CH) - 1/r(OH) - 1/r(CN))*f avec q1 = 0.42e q2 = 0.20e e la charge élémentaire d'un electro (e = 1,602 176 634 ×10−19 C) r en angström f (facteur de dimmensionnalité) = 332 E en kcal/mol

Bonne LH si E <= -3 kcal/mol

Cutoff choisi permet une distance N-O jusqu'à 2.2 Angström N-H bound distance : 1.030 A https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja00313a047

Angles : https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/peptide-bond