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nicolas-zimmermann 2019-10-24 15:32:45 +02:00
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wgs.sh
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@ -37,3 +37,5 @@ sed "s:>:*\n>:g" results/genes.fna | sed -n "/partial=00/,/*/p"|grep -v "*" > re
# Question 6
blastn -query results/genes_full.fna -db databases/resfinder.fna -perc_identity 0.8 -qcov_hsp_perc 0.8 -evalue 1e-3 -outfmt 6 -out results/annoted_genes.dat
# Les génomes présentent de nombreux gènes de résistances à des antibiotiques : catB7, floR, tet(A)....