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Dépôt output DSSP:
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http://ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/database/DSSP/latest_release/
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structure basée sur liaisons H
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- n-turns : liaison H entre CO et NH du res i+n, ou n = [3,4,5]
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- bridges : LH avec res non proches
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* hélices : 4-turns répétés
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* brins beta : repetition bridges
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common imperfections : helical kinks + beta-bulges
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propriétés déduites geométriquement : bends, chirality, SS bonds, solvent exposure
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Hbond(i,j) = [E<-0.5kcal/mole]
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electrostatic interaction energy between twho H-bonding groups by placing partial charges on the C,O(+q1,-q1) and N,H(-q2,+q2) atoms
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E = q1q2(1/r(ON) + 1/r(CH) - 1/r(OH) - 1/r(CN))*f
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avec
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q1 = 0.42e
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q2 = 0.20e
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e la charge élémentaire d'un electro (e = 1,602 176 634 ×10−19 C)
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r en angström
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f (facteur de dimmensionnalité) = 332
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E en kcal/mol
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Bonne LH si E <= -3 kcal/mol
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Cutoff choisi permet une distance N-O jusqu'à 2.2 Angström
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N-H bound distance : 1.030 A
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https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja00313a047
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Angles : https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/peptide-bond
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