added otu table creation · 8ff28a2a57 - Gitea: Git with a cup of tea

Преглед на файлове

added otu table creation

nicolas-zimmermann преди 4 години

родител

8165ca41a8

ревизия

8ff28a2a57

променени са 1 файла, в които са добавени 1 реда и са изтрити 1 реда

Разделен изглед Покажи статистика за разликите

						
							+ 1
							
							- 1
						
16S_workflow.shЦелия файл
								
				@@ -51,4 +51,4 @@ otu=">OTU_"
			
				51
			
				51
			
				 vsearch --cluster_fast fasta/prefix_nochim.fasta --id 0.97 --centroids otu/centroids.fasta --relabel $otu
			
				52
			
				52
			
				53
			
				53
			
				 # ABONDANCE
			
				54
			
				-
			
				54
			
				+vsearch --usearch_global fasta/amplicon.fasta --db otu/clusters.fasta --id 0.97 --otutabout otu/abondance_table.txt