Przeglądaj źródła

added otu table creation

nicolas-zimmermann 4 lat temu
rodzic
commit
8ff28a2a57
1 zmienionych plików z 1 dodań i 1 usunięć
  1. 1 1
      16S_workflow.sh

+ 1 - 1
16S_workflow.sh Wyświetl plik

@@ -51,4 +51,4 @@ otu=">OTU_"
51 51
 vsearch --cluster_fast fasta/prefix_nochim.fasta --id 0.97 --centroids otu/centroids.fasta --relabel $otu
52 52
 
53 53
 # ABONDANCE
54
-
54
+vsearch --usearch_global fasta/amplicon.fasta --db otu/clusters.fasta --id 0.97 --otutabout otu/abondance_table.txt