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added otu table creation

nicolas-zimmermann il y a 4 ans
Parent
révision
8ff28a2a57
1 fichiers modifiés avec 1 ajouts et 1 suppressions
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      16S_workflow.sh

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16S_workflow.sh Voir le fichier

@@ -51,4 +51,4 @@ otu=">OTU_"
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 vsearch --cluster_fast fasta/prefix_nochim.fasta --id 0.97 --centroids otu/centroids.fasta --relabel $otu
52 52
 
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 # ABONDANCE
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-
54
+vsearch --usearch_global fasta/amplicon.fasta --db otu/clusters.fasta --id 0.97 --otutabout otu/abondance_table.txt