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added otu table creation

nicolas-zimmermann hace 4 años
padre
commit
8ff28a2a57
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16S_workflow.sh Ver fichero

@@ -51,4 +51,4 @@ otu=">OTU_"
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 vsearch --cluster_fast fasta/prefix_nochim.fasta --id 0.97 --centroids otu/centroids.fasta --relabel $otu
52 52
 
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 # ABONDANCE
54
-
54
+vsearch --usearch_global fasta/amplicon.fasta --db otu/clusters.fasta --id 0.97 --otutabout otu/abondance_table.txt